Με την ένταξη της Κύπρου στην Ευρωπαϊκή Ένωση ως πλήρες και ισότιμο μέλος τον Μάιο του 2004, η Υπηρεσία, αφού πληρούσε όλες τις απαιτήσεις των σχετικών Κοινοτικών Κανονισμών, ορίστηκε με σχετικές Αποφάσεις του Υπουργικού Συμβουλίου επιπρόσθετα και ως αρμόδια Αρχή Ελέγχου για προγράμματα που συγχρηματοδοτούνται από πόρους της Ευρωπαϊκής Ένωσης (Προγραμματικές Περίοδοι 2004 - 2006 και 2007 - 2013) στην Κύπρο. Η Υπηρεσία για να μπορέσει να ανταποκριθεί αποτελεσματικά στον ρόλο και στην αποστολή της, έχει οργανωθεί σε τρεις τομείς: στον Τομέα Εσωτερικού Ελέγχου Κρατικών Υπηρεσιών, στον Τομέα Ελέγχου Συγχρηματοδοτούμενων Προγραμμάτων και στον Τομέα Μεθοδολογίας, Στρατηγικής και ελέγχου Μηχανογραφικών συστημάτων.
Η Υπηρεσία ως η αρμόδια Αρχή Ελέγχου για τα συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα από την Ευρωπαϊκή Ένωση στην Κύπρο, είναι υπεύθυνη για τον έλεγχο της ουσιαστικής λειτουργίας του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου. Με την ολοκλήρωση των επιτόπιων ελέγχων στους διάφορους φορείς και την αξιολόγηση της φύσης των ευρημάτων, η Υπηρεσία ετοιμάζει την τελική Έκθεση Ελέγχου μετά τη λήψη και αξιολόγηση των σχολίων από τους ελεγχόμενους φορείς. Στις Ετήσιες Εκθέσεις προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, ο Έφορος Εσωτερικού Ελέγχου εκφέρει την επαγγελματική του γνώμη κατά πόσον το σύστημα διαχείρισης και ελέγχου έχει λειτουργήσει αποτελεσματικά ώστε να διασφαλίζει την κανονικότητα και νομιμότητα των δαπανών που έχουν διεκδικηθεί για συγχρηματοδότηση από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή στο πλαίσιο υλοποίησης συγχρηματοδοτούμενων έργων στην Κύπρο.
Ιδιαίτερα σημαντικό είναι το γεγονός ότι στο πλαίσιο της Προγραμματικής Περιόδου 2004 -2006, τα αποτελέσματα και το επίπεδο της ελεγκτικής εργασίας όσον αφορά τους ελέγχους των συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της Υπηρεσίας ως αρμόδια Αρχή Ελέγχου, έχουν αξιολογηθεί από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και έχουν κριθεί ως πολύ ικανοποιητικά με αποτέλεσμα η Κύπρος να θεωρείται μία από τις πρώτες χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης που αποδεσμεύτηκε από τις υποχρεώσεις της σχετικά με το κλείσιμο της εν λόγω Προγραμματικής Περιόδου όπου και επιτεύχθηκε πλήρης απορρόφηση των διαθέσιμων κοινοτικών πόρων.
Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι ως επιστέγασμα της εμπιστοσύνης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής επί των μέχρι σήμερα ελεγκτικών δραστηριοτήτων της Υπηρεσίας, και όσον αφορά την υφιστάμενη Προγραμματική Περίοδο 2007 – 2013, η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Πολιτικής της Ευρωπαϊκής Επιτροπής τόσο στο πλαίσιο διμερούς συντονιστικής συνάντησης που πραγματοποιήθηκε στις 12 Ιουνίου 2012 στις Βρυξέλλες, αλλά και με σχετική επιστολή της ημερομηνίας 1 Ιουνίου 2012, ενημέρωσε τον Έφορο Εσωτερικού Ελέγχου για την ενεργοποίηση του άρθρου 73 του Κανονισμού (ΕΚ) 1083/2006 του Συμβουλίου «Συνεργασία με τις ελεγκτικές αρχές των κρατών μελών».
Η ενεργοποίηση του εν λόγω άρθρου στηρίζεται στη μέχρι σήμερα συνεργασία των δύο μερών και αφορά στο γεγονός ότι η Ευρωπαϊκή Επιτροπή δίνει εμπιστοσύνη και μπορεί να βασίζεται στη ελεγκτική γνώμη της Υπηρεσίας μας όσον αφορά στη ουσιαστική λειτουργία του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου στην Κύπρο. Η εμπιστοσύνη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής βασίζεται στην αξιολόγηση των τελευταίων ετών και αφορά αφενός στην επάρκεια και στην αξιοπιστία του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου και αφετέρου στο υψηλό επίπεδο του επαγγελματισμού, των μεθοδολογιών και ελεγκτικών προσεγγίσεων που εφαρμόζει η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου της Κυπριακής Δημοκρατίας.
Πιο συγκεκριμένα η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου της Δημοκρατίας όπως αναφέρεται και στη σχετική επιστολή της Ευρωπαϊκής Επιτροπής πληρούσε τις πιο κάτω προϋποθέσεις:
1) αποδοχή της στρατηγικής ελέγχου και της αξιολόγησης συμμόρφωσης χωρίς εκκρεμότητες,
2) εύλογη βεβαιότητα ότι το σύστημα διαχείρισης και ελέγχου λειτουργεί αποτελεσματικά βάσει των πορισμάτων των ελέγχων που έχουν διενεργηθεί από την Επιτροπή και το κράτος μέλος,
3) θετικό πόρισμα του ελέγχου «Ανασκόπηση του έργου των ελεγκτικών αρχών» από τη Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Πολιτικής, και
4) θετικά πορίσματα άλλων ελεγκτικών δραστηριοτήτων (οριζόντιοι έλεγχοι, έλεγχοι του Ευρωπαϊκού Ελεγκτικού Συνεδρίου).
Κατόπιν ανάλυσης της συμμόρφωσης των ανωτέρω προϋποθέσεων για το πρόγραμμα που συγχρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ) στην περιοχή της Κύπρου, η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Πολιτικής καταλήγει στο συμπέρασμα ότι μπορεί να βασίζεται κυρίως για τη δική της βεβαιότητα στη γνώμη της ελεγκτικής αρχής του προγράμματος Αειφόρος Ανάπτυξη και Ανταγωνιστικότητα.
Ως εκ τούτου, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έχει καταλήξει στο συμπέρασμα ότι μπορεί να βασίζεται κυρίως για τη δική της βεβαιότητα στη γνώμη της Ελεγκτικής Αρχής (Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου της Δημοκρατίας) για το πρόγραμμα που συγχρηματοδοτείται από το ΕΤΠΑ που συνεπάγεται και σημαντική μείωση των επιτόπιων ελέγχων που θα διενεργεί η Ευρωπαϊκή Επιτροπή σε συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα στην Κύπρο.
Η ενεργοποίηση του εν λόγω άρθρου και η εμπιστοσύνη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής επί του ελεγκτικού έργου της Υπηρεσίας είναι πολύ τιμητική και αποτελεί μεγάλης σημασίας διάκριση τόσο για την Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου της Κυπριακής Δημοκρατίας, όσο και για την Κύπρο ευρύτερα καθότι μέχρι σήμερα μόνον ένας πολύ μικρός αριθμός κρατών μελών της ευρωπαικής οικογένειας έχουν επιτύχει αυτή τη διάκριση.
